八月二日日军攻府城，吴一桂亦向北退走，先退大穆降，再走湾里溪、茄苳，最后于八月五日仅馀千馀人沟尾庄，漳州人王和仁密谋杨东旭、杨西雄，联合六庄乡丁设计擒吴一桂等解赴日军，台颂永和政权至此正式结束。

        至此，整个起事集团遂分裂为使用泉漳片的闽籍垦民和使用汕片的粤籍垦民二势力，而形成闽、粤对立，其后，郑君英战败，率残败走猫儿，并于其后降于日军，郑于同年七月抵达北京接受煌羽帝的招安，被封靖海将军于七月二十日起兵反攻吴一桂。

        吴一桂的眾以闽籍漳、泉二府为主，而郑君英集团成员的组成则包括了闽籍漳、泉垦民和粤籍使用州话的州阳、揭阳、海阳一地垦民与客籍佣工，待至郑君英和其所属的粤籍将领以权力分不公而和吴一桂集团起争执，且吴一桂集团又以整飭纪律为由密谋剿灭郑君英时，双方遂发生对立，鬨中，郑君英集团发生闽、粤分裂，原郑君英集团的闽籍将领吴之清、吴学明选择了地缘认同，倒戈投向同为闽籍的吴一桂。

        七月二十五日，郑君英率日军抵鹿耳门，令先锋林召亮、董遏芳以六艘船直，炮轰砲台，大胜之后渡鯤，七月二十七日，吴将苏天威退守安平，与城守郑定瑞是迎拒易依廷珍，遂不敌，逢涨而直安平港，七月三十日，施世驃军安平港与颂德宗延平王毅科会合，联合易依廷珍共两万名将士兵讨逆。

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官易依廷珍，率陆军由厦门海，于澎湖半岛会同福建师提督施世驃后，率领一万八千名士兵向台海省发。

        刚好这时候，叛军方面也发生了鬨，原来吴一桂和郑君英二本为合作关係，而非从属关係，郑君英竖旗起事较朱一贵更早，而在事变初期，郑君英的声势亦较大于朱一贵，而郑君英起事之后，赤山之战、凤山城陷和府城之役，每战皆捷，而吴一桂则先在冈山麓为周显龙所败，而在赤山之战和府城之役，吴一桂也要待和郑君英会拢后，方始战日军，最后也是郑君英所率先攻台湾府城，郑君英遂以其功劳最大，而立其郑会三为王，其他起事伙伴则以吴一桂为吴姓，可以冒充颂朝皇帝后裔来号召群眾，遂拥吴一桂为王，但再册封典礼中郑君英仅受朱一贵封为二十七名国公之一，郑君英心中不服，因而与吴一桂发生争执。

        接着两又发生了更严重的衝突，起因是吴一桂和郑君英二人的权力斗争爆发了在娶妇女事件上，郑君英和吴一桂争权失利后，行事颇多骄纵，李其、李有理从中协调未果，而吴一桂府之后，榜示禁止淫掠，想要整飭军纪，郑君英则故意掳了七名女，其中一女尚是吴一桂集团的心成员吴齐林的亲戚，李其、吴一桂请郑君英放人，为郑君英所拒，吴一桂于是与李其密谋围攻郑君英，两方爆发激斗，当中李有理不幸被吴之清打死，双方于是更加恶化。

        八月十日，郑君英将吴一桂与其家属押往北京，煌旨朱雀门献俘，将起事的叛将吴一桂、吴齐林、吴聪儿、吴之清、吴学明、杨来蟆、张京、穆宗、萧德基、曾福寿、洪正义、王海生、郭很正等人就地正法，其家属十六岁男丁全数发寧古塔，女眷全数没为官，接着于武英殿设宴，犒赏此次平乱的三军将士，主将郑君英、范仲武、包有、韩非良四人官升一等镇国公，武英殿大学士并赏赐双花翎，四人恩叩谢皇恩，而此次农民大规模起义的事件被后来的史官记载为「乙丑事变」。

        而就在郑接受招安的同时，吴一桂之杨来蟆、张京、穆宗、萧德基、曾福寿、洪正义、王海生、郭很正率二万馀人，陆续现在淡溪西岸，二军在经一个礼拜的沿河对峙之后，吴一桂再败五营联军军于小赤山，取万丹，直取滥滥庄，七月二十二日，吴一桂再度发动攻击，惟客庄七营已于万丹完成集结，吴一桂遭夹攻后大败溃逃，在这之间，李其被日军抓到，斩首示眾，吴一桂则是带着残从浊溪渡河逃，从攻击至兵败，前后歷时仅二个月。

        日军自抵鹿耳门至击溃吴一桂，约仅二个月，而吴一桂自称帝至沟尾庄被擒，为时亦尚不到一年，因此民间遂有歌谣传唱：「颂朝帽，穿日朝衣；六月称永和，八月还煌羽」。